宅基地使用權不得向城鎮(zhèn)居民流轉的規(guī)定已使宅基地上房屋的價值遠低于其真實的市場價值，這足以體現(xiàn)法律的否定性評價和導向作用。如果因行使宅基地上房屋所有權的具體權能必定涉及宅基地的使用而認為宅基地上房屋的轉讓必須與宅基地使用權轉讓同時進行，進而認為禁止宅基地使用權向城鎮(zhèn)居民流轉就意味著禁止宅基地上房屋向城鎮(zhèn)居民流轉，則是對宅基地上房屋獨立價值的過度否定，也是對實踐中普遍存在的小產權房現(xiàn)象及其中體現(xiàn)的農民個人及群體利益的漠視，因此顯然不成其為合理的法律解釋。

專家認為，盡管土地管理法、物權法不提倡農村宅基地上房屋的買賣、出租等行為，但這些法律關于限制宅基地使用權交易流轉的規(guī)定，并不當然否定宅基地上房屋交易流轉的效力。對國務院有關禁止宅基地使用權及宅基地上房屋向城鎮(zhèn)居民流轉的規(guī)定，應該認為前者與土地管理法、物權法精神一致，在司法中得予適用；而對于后者，應認為是管理型的規(guī)定，在確定宅基地上房屋買賣、租賃等合同效力時，不能作為否定合同效力的依據(jù)。因此，在宅基地使用權人與城鎮(zhèn)居民關于宅基地使用權及宅基地上房屋的交易流轉協(xié)議中，在否定宅基地使用權交易流轉效力的同時，如無無法履行等情形，應對宅基地上房屋的交易流轉效力予以認可，否則在當前此類交易已很普遍、且不違背大多數(shù)農民意志的情況下，動輒一概否定其法律效力，將嚴重損害誠信原則，導致雙方利益失衡。

現(xiàn)實生活中，農民在宅基地上建造住宅時，因資金、能力有限而與他人共同建造的現(xiàn)象比較普遍。共建人中非本集體經濟組織成員一方往往是親戚、朋友，可能是農民，也可能是城鎮(zhèn)居民，但都對該塊宅基地無使用權。共建人往往約定房屋產權分配份額，但由于現(xiàn)時的政策，共建人中往往只有本集體經濟組織成員一方能取得宅基地使用權證和房屋產權證。因此，當共建雙方對建成的房屋因分配發(fā)生糾紛或已分配后一方反悔發(fā)生糾紛訴至法院時，法院如何適用法律便常常成為實務中的疑難問題。對于農村宅基地上共建房屋的行為，法律并無明確規(guī)定，雖系不動產（房屋）物權的原始取得，不涉及交易流轉，但因國家政策的原因，人們往往認為共建人必定共同行使宅基地使用權，違反了非本集體經濟組織成員不得成為宅基地使用權人、宅基地使用權不得向城鎮(zhèn)居民流轉（包括部分流轉）的規(guī)定。因此，關于共建房屋分配份額的約定往往被認定無效。事實上，這種觀點忽視了占有、使用（部分）宅基地與成為宅基地使用權人的區(qū)別，忽視了兩者在經濟成本上的差別和法律上的區(qū)分，把宅基地上部分房屋的所有權人與宅基地使用權人強行合一了。根據(jù)前文的分析，宅基地上房屋所有權整體都可以與宅基地使用權分離行使，則舉重以明輕，共同建成的宅基地上房屋的部分所有權當然得與宅基地使用權分開行使。